日本石龟是日本特有物种，分布于本州、四国、九州和邻近的小岛屿。栖息在日本国内流动的溪涧，河流，沟渠，以及其它的水体中，且在山间清凉的溪涧和池塘内，其水流湍急而冷冽。每天大多数生活在水中，有时会爬上岸晒太阳。 有晒背的习惯，有时在陆地上活动。在炎热的盛夏，多数在上午和傍晚活动，中午潜在深水中休息。喜温暖环境，25摄氏度正常吃食，15摄氏度以下冬眠。杂食性，但更喜欢动物性食物，可食鱼、蛙类、虾虾、昆虫和杂草。 容易饲养。幼龟需经过3-5年才能性成熟。

整体基本上都是棕色的，而头部颜色会稍浅一些，两侧和颌部上长有深色的斑点。可能有一条棱突，其上也许会有一条浅色的条纹，但也许没有。后缘呈明显的锯齿状。背甲上可能具有清晰的特征性的年轮，还可能会有由放射状的细沟构成的精致纹样。腹甲上有一个缺刻。一些较大的雌龟，其背甲的直线长度可达7cm，但大多数往往都要小一些，5-6cm。成体的背甲长度为13-18cm。日本石龟的体色呈棕色，略略带点黄。